# STOCKHOLM 1.0          BACTERIAL Asp
#=GC CS                                                                             .346543..2444...........4442.35433.......33453.....3322.........2233345643.....
#=GC BP                                                                             +++++++..++++...........++++.+++++.......+++++.....+++++.......++++++++++++....
tdbD393|Acholeplasma_laidlawii|2148|Asp|GTC                                         GGTCCGGTGGTGTAGG--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCAAATCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD4572|Acinetobacter_sp._ADP1|62977|Asp|GTC                                       GCAGCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCCGCTGCGCCA
tdbD4435|Agrobacterium_tumefaciens_str._C58|176299|Asp|GTC                          GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4415|Aquifex_aeolicus_VF5|224324|Asp|GTC                                        GGAGCGGTAGTTCAGCCCGGTC-AGAACGCCGGCCTGTCAAGCCGGAGGTCGCGGGTTCAAATCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4573|Bacillus_anthracis_str._A2012|191218|Asp|GTC                               GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4534|Bacillus_anthracis_str._Ames|198094|Asp|GTC                                GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4546|Bacillus_anthracis_str._Sterne|260799|Asp|GTC                              GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4561|Bacillus_cereus_ATCC_10987|222523|Asp|GTC                                  GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4524|Bacillus_cereus_ATCC_14579|226900|Asp|GTC                                  GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4506|Bacillus_halodurans_C-125|272558|Asp|GTC                                   GGTCCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD403|Bacillus_sp._PS3|2334|Asp|GTC                                               GGTCCCGTAGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCGAT-GCCGTCGGGACCGCCA
tdbD4382|Bacillus_subtilis_subsp._subtilis_str._168|224308|Asp|GTC                  GGTCCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD4574|Bacillus_thuringiensis_serovar_konkukian_str._97-27|281309|Asp|GTC         GGTCCCGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCCGGTTCGACCCCGGTCGGGACCGCCA
tdbD4531|Bacteroides_thetaiotaomicron_VPI-5482|226186|Asp|GTC                       GGTGCGTTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACATGCCTGTCACGCATGGGGTCACGGGTTCGAGTCCCGTACGCACCG---
tdbD4535|Bartonella_henselae_str._Houston-1|283166|Asp|GTC                          GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4576|Bartonella_quintana_str._Toulouse|283165|Asp|GTC                           GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4536|Bdellovibrio_bacteriovorus_HD100|264462|Asp|GTC                            GGGGTGGTAGTTAAGTT-GGTT-ATAACGTCCGCCTGTCACGCGGAAGGCCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCACCCCGCCA
tdbD4494|Bifidobacterium_longum_NCC2705|206672|Asp|GTC                              GGCCCCGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCACCGGTTCAAGTCCGGCCGGGGTCG---
tdbD4400|Borrelia_burgdorferi_B31|224326|Asp|GTC                                    GGGGGCGTAGTTCAGGT-GGTT-AGAACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGACCCGTCGCTCCCG---
tdbD4547|Borrelia_garinii_PBi|290434|Asp|GTC                                        GGGGGCGTAGTTCAGAT-GGTT-AGAACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGACCCGTCGCTCCCG---
tdbD4507|Bradyrhizobium_japonicum_USDA_110|224911|Asp|GTC                           GCGGGAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCTCTCGCGCCA
tdbD4426|Brucella_melitensis_16M|224914|Asp|GTC                                     GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4496|Brucella_suis_1330|204722|Asp|GTC                                          GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4383|Buchnera_aphidicola_str._APS_(Acyrthosiphon_pisum)|107806|Asp|GTC          GGTGTGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCG---
tdbD4525|Buchnera_aphidicola_str._Bp_(Baizongia_pistaciae)|224915|Asp|GTC           GGTGCGGTAGTTCAGAT-GGTT-AGAATACTGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGTCCGCACCG---
tdbD4476|Buchnera_aphidicola_str._Sg_(Schizaphis_graminum)|198804|Asp|GTC           GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCCGCACCG---
tdbD4401|Campylobacter_jejuni_subsp._jejuni_NCTC_11168|192222|Asp|GTC               GCAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCCGCTGCGCCA
tdbD4577|Candidatus_Blochmannia_floridanus|203907|Asp|GTC                           GGTGCGGTAGTTCAGAT-GGTT-AGAATATCGGCTTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAATCCCGTCCGCACCGCCA
tdbD4540|Candidatus_Protochlamydia_amoebophila_UWE25|264201|Asp|GTC                 GCGGGAGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGGCTTGTCACGCCGGAAGTTGCGGGTTCGAGTCCCGTCTCCCGCG---
tdbD4402|Caulobacter_crescentus_CB15|190650|Asp|GTC                                 GCGGATGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCATTCGCGCCA
tdbD4421|Chlamydia_muridarum_Nigg|243161|Asp|GTC                                    GCGGGAGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGTTGCGGGTTCGAGCCCCGTCTCTCGCG---
tdbD4380|Chlamydia_trachomatis_D/UW-3/CX|272561|Asp|GTC                             GCGGGAGTAGTTCAACT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGTTGCGGGTTCGAGCCCCGTCTCTCGCG---
tdbD4378|Chlamydophila_pneumoniae_AR39|115711|Asp|GTC                               GCGGGAGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGTTGCGGGTTCGACCCCCGTCTCTCGCG---
tdbD4379|Chlamydophila_pneumoniae_CWL029|115713|Asp|GTC                             GCGGGAGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGTTGCGGGTTCGACCCCCGTCTCTCGCG---
tdbD4392|Chlamydophila_pneumoniae_J138|138677|Asp|GTC                               GCGGGAGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCAAGGCGGAAGTTGCGGGTTCGACCCCCGTCTCTCGCG---
tdbD4472|Chlorobium_tepidum_TLS|194439|Asp|GTC                                      GGAGCTGTAGCTCAGTCTGGTT-AGAGCGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGCTCCG---
tdbD4424|Clostridium_acetobutylicum_ATCC_824|272562|Asp|GTC                         GGCTTGGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGTGCTGGCCTGTCACGCCAGAGGTCGAGGGTTCGATCCCCTTCCAAGTCGCCA
tdbD4420|Clostridium_perfringens_str._13|195102|Asp|GTC                             GGCTCAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGAGGGTTCGAGCCCCTTCTGAGTCGCCA
tdbD4508|Clostridium_tetani_E88|212717|Asp|GTC                                      GGCCCAGTGGCTCAGTT-GGTTTAGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGAGGGTTCGAGTCCCTTCTGGGTCGCCA
tdbD4537|Corynebacterium_diphtheriae_NCTC_13129|257309|Asp|GTC                      GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4498|Corynebacterium_efficiens_YS-314|196164|Asp|GTC                            GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4478|Corynebacterium_glutamicum_ATCC_13032|196627|Asp|GTC                       GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4523|Coxiella_burnetii_RSA_493|227377|Asp|GTC                                   GGAGTGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCACTCCGCCA
tdbD4404|Deinococcus_radiodurans_R1|243230|Asp|GTC                                  GGTCCGGTAGTGTAGC--GGTT-AGCATATCTGCCTGTCACGCAGAAGGTCGCGGGTTCAAATCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD4563|Desulfovibrio_vulgaris_subsp._vulgaris_str._Hildenborough|882|Asp|GTC      GGAGCCGTAGTTAAGAC-GGTT-ATAACGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGCCGAGGGTTCGAGTCCCTTCGGCTCCGCCA
tdbD4510|Enterococcus_faecalis_V583|226185|Asp|GTC                                  GGTTTGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCAGACCG---
tdbD4526|Escherichia_coli_CFT073|199310|Asp|GTC                                     GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4393|Escherichia_coli_K12|83333|Asp|GTC                                         GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4395|Escherichia_coli_O157:H7|83334|Asp|GTC                                     GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4396|Escherichia_coli_O157:H7_EDL933|155864|Asp|GTC                             GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4473|Fusobacterium_nucleatum_subsp._nucleatum_ATCC_25586|190304|Asp|GTC         GGGGGTGTAGCTCAGTTTGGTT-AGAGCGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGAGTTCGAGTCTCGTCACTCCCGCCA
tdbD4548|Geobacter_sulfurreducens_PCA|243231|Asp|GTC                                GGGGTCGTAGTTAAGTT-GGTT-ATAACGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGCCGCGGGTTCGAGCCCCGTCGACCCCGCCA
tdbD4399|Haemophilus_influenzae_Rd_KW20|71421|Asp|GTC                               GGAGTGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCATTCCGCCA
tdbD4397|Helicobacter_pylori_26695|85962|Asp|GTC                                    GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATATCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4398|Helicobacter_pylori_J99|85963|Asp|GTC                                      GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATATCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD400|Lactobacillus_delbrueckii_subsp._bulgaricus|1585|Asp|GTC                    GGTCCATTGGAGCAGT--GGTCTATCTCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCGCGGGTTCAAATCCCGCATGGACCG---
tdbD4550|Lactobacillus_johnsonii_NCC_533|257314|Asp|GTC                             GGTCCCTTAGTGTAGT--GGTT-ATCACGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCACCGGTTCGAGTCCGGTAGGGACCG---
tdbD4513|Lactobacillus_plantarum_WCFS1|220668|Asp|GTC                               GGTCCGTTGGTCTAGTT-GGTTTAGGACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCACGAGTTCGAGTCTCGTACGGACCG---
tdbD4551|Leifsonia_xyli_subsp._xyli_str._CTCB07|281090|Asp|GTC                      GGCCCTGTAGCGCAGTT-GGTT-AGCGTGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGTCAGGGTCGCCA
tdbD4499|Leptospira_interrogans_serovar_Lai_str._56601|189518|Asp|GTC               GGAGCTGTAGCTCAGCT-GGTT-AGAGTGCCTGCCTGTCACGCAGGATGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGCTCCG---
tdbD4416|Listeria_innocua_Clip11262|272626|Asp|GTC                                  GGTTCCGTGGTGTAGG--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCAAATCCCGTCGGGACCG---
tdbD4418|Listeria_monocytogenes_EGD-e|169963|Asp|GTC                                GGTTCCGTGGTGTAGG--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCAAATCCCGTCGGGACCG---
tdbD4565|Listeria_monocytogenes_str._4b_F2365|265669|Asp|GTC                        GGTTCCGTGGTGTAGG--GGTT-AACATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCAAATCCCGTCGGGACCG---
tdbD4567|Mesoplasma_florum_L1|265311|Asp|GTC                                        GGCCCCATAGCGAAGTT-GGTT-ATCGCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCACGGGTTCGAGTCCCGTTGGGGTCGCCA
tdbD4427|Mesorhizobium_loti_MAFF303099|266835|Asp|GTC                               GCGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD4521|Mycobacterium_bovis_AF2122/97|233413|Asp|GTC                               GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCGCCA
tdbD4390|Mycobacterium_leprae_TN|272631|Asp|GTC                                     GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4384|Mycobacterium_tuberculosis_CDC1551|83331|Asp|GTC                           GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCGCCA
tdbD4539|Mycobacterium_tuberculosis_H37Rv|83332|Asp|GTC                             GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCGCCA
tdbD389|Mycoplasma_capricolum|2095|Asp|GTC                                          GGCCCCATAGCGAAGTT-GGTT-ATCGCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCACGGGTTCGAGTCCCGTTGGGGTCGCCA
tdbD4520|Mycoplasma_gallisepticum_R|233150|Asp|GTC                                  GGTTCCTTGGTGTAGT--GAT--AACATACCTCCCTGTCACGGAGGGGT-TGCGGGTTTGATTCCCGTAGGAACCGCCA
tdbD4405|Mycoplasma_genitalium_G37|243273|Asp|GTC                                   GGTTCCATGGTGTAGT--GAT--AACATATCTCCCTGTCACGGAGGGGT-TGCGGGTTTGATTCCCGTTGGAACCGCCA
tdbD391|Mycoplasma_mycoides|2102|Asp|GTC                                            GGCCCCATAGCGAACGTTGGTT-ATCGCGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCACGGGTTCGAGTCCCGTTGGGGTCGCCA
tdbD4406|Mycoplasma_pneumoniae_M129|272634|Asp|GTC                                  GGTTCCATGGTGTAGT--GAT--AACATATCTCCCTGTCACGGAGGGGT-TGCGGGTTTGATTCCCGTTGGAACCGCCA
tdbD4434|Mycoplasma_pulmonis_UAB_CTIP|272635|Asp|GTC                                GGTCCAGTGGTAAAGT--GGTTGACTACGCCTCCCTGTCACGGAGGAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCTGGACCGCCA
tdbD4385|Neisseria_meningitidis_MC58|122586|Asp|GTC                                 GCGGTGGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCCGCCGCGCCA
tdbD4386|Neisseria_meningitidis_Z2491|122587|Asp|GTC                                GCGGTGGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGTACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCCGCCGCGCCA
tdbD4530|Nitrosomonas_europaea_ATCC_19718|228410|Asp|GTC                            GGAGTGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCACTCCGCCA
tdbD4433|Nostoc_sp._PCC_7120|103690|Asp|GTC                                         GGGACTGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCACGGCGGAAGTTGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGTCCCG---
tdbD4500|Oceanobacillus_iheyensis_HTE831|221109|Asp|GTC                             GGTCCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATGCCTGCCTGTCACGCAGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD4538|Onion_yellows_phytoplasma_OY-M|262768|Asp|GTC                              GGTCCGGTGGTGTAGT--GGTT-AACATGCTTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCAAGTCCCGTCCGGACCGCCA
tdbD4407|Pasteurella_multocida_subsp._multocida_str._Pm70|272843|Asp|GTC            GGAGTGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCATTCCGCCA
tdbD4542|Photorhabdus_luminescens_subsp._laumondii_TTO1|243265|Asp|GTC              GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCGCCA
tdbD4552|Porphyromonas_gingivalis_W83|242619|Asp|GTC                                GGTGTGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCATACCG---
tdbD4568|Propionibacterium_acnes_KPA171202|267747|Asp|GTC                           GGCCCCGTAGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGTGGGTTCAAGTCCCATCGGGGTCG---
tdbD4411|Pseudomonas_aeruginosa_PAO1|208964|Asp|GTC                                 GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4533|Pseudomonas_syringae_pv._tomato_str._DC3000|223283|Asp|GTC                 GCAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTGCGCCA
tdbD4431|Ralstonia_solanacearum_GMI1000|267608|Asp|GTC                              GGAGTGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCACTCCGCCA
tdbD4529|Rhodopirellula_baltica_SH_1|243090|Asp|GTC                                 GGCGCGGTAGCTCAATT-GGTT-AGAGCCCCGGACTGTCGATCCGGAGGTTGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCGTCG---
tdbD4543|Rhodopseudomonas_palustris_CGA009|258594|Asp|GTC                           GCGGGAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCTCTCGCGCCA
tdbD4425|Rickettsia_conorii_str._Malish_7|272944|Asp|GTC                            GGGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCATCTGCCTGTCACGCAGAAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCACTCTCGCCA
tdbD4477|Rickettsia_prowazekii_str._Madrid_E|272947|Asp|GTC                         GGGGATGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTCTGCCTGTCACGCAGAAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCATTCTCGCCA
tdbD4553|Rickettsia_typhi_str._Wilmington|257363|Asp|GTC                            GGGGATGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGTCTGCCTGTCACGCAGAAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCATTCTCGCCA
tdbD4437|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._CT18|220341|Asp|GTC GGAGCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4528|Salmonella_enterica_subsp._enterica_serovar_Typhi_str._Ty2|209261|Asp|GTC  GGAGCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4430|Salmonella_typhimurium_LT2|99287|Asp|GTC                                   GGAGCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4502|Shewanella_oneidensis_MR-1|211586|Asp|GTC                                  GGAGCGGTAGTTCAGTT-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4503|Shigella_flexneri_2a_str._301|198214|Asp|GTC                               GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCTGCCTGTCACGCAGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGTTCCGCCA
tdbD4438|Sinorhizobium_meliloti_1021|266834|Asp|GTC                                 GCGGGTGTAGCTCAGTC-GGTT-AGAGTGCCGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGCCCCGTCACTCGCGCCA
tdbD394|Spiroplasma_melliferum|2134|Asp|GTC                                         GGTCTTGTAGTGAAGTT-GGTT-ATCATGCCTCTCTGTCACAGAGGAGATCGCGGGTTCAAGTCCCGTCAAGACCGCCA
tdbD4544|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MRSA252|282458|Asp|GTC                 GGTCTCGTAGTGTAGC--GGTT-AACACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGAGACCG---
tdbD4479|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_MW2|196620|Asp|GTC                     GGTCTCGTAGTGTAGC--GGTT-AACACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGAGACCG---
tdbD4388|Staphylococcus_aureus_subsp._aureus_N315|158879|Asp|GTC                    GGTCTCGTAGTGTAGC--GGTT-AACACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGAGACCG---
tdbD4514|Staphylococcus_epidermidis_ATCC_12228|176280|Asp|GTC                       GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-AACACGCCTGCCTGTCACGCAGGAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4504|Streptococcus_agalactiae_2603V/R|208435|Asp|GTC                            GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4481|Streptococcus_agalactiae_NEM316|211110|Asp|GTC                             GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4505|Streptococcus_mutans_UA159|210007|Asp|GTC                                  GGTCCCGTGGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4423|Streptococcus_pneumoniae_TIGR4|170187|Asp|GTC                              GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4422|Streptococcus_pyogenes_M1_GAS|160490|Asp|GTC                               GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4482|Streptococcus_pyogenes_MGAS315|198466|Asp|GTC                              GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4522|Streptococcus_pyogenes_SSI-1|193567|Asp|GTC                                GGTCCCGTAGTGTAGC--GGTT-ATCACGTCGCCCTGTCACGGCGAAGATCGCGGGTTCGATTCCCGTCGGGACCG---
tdbD4527|Streptomyces_avermitilis_MA-4680|227882|Asp|GTC                            GGTCCTGTGGAGCAGTTTGGAG-TGCTCGCCACCCTGTCAAGGTGGAGGCCGCGGGTTCAAATCCCGTCAGGACCG---
tdbD4501|Streptomyces_coelicolor_A3(2)|100226|Asp|GTC                               GGTCCTGTGGAGCAGTTTGGAG-TGCTCGCCACCCTGTCAAGGTGGAGGCCGCGGGTTCAAATCCCGTCAGGACCG---
tdbD397|Streptomyces_lividans|1916|Asp|GTC                                          GGTCCTGTGGAGCAGTTTGGAG-TGCTCGCCACCCTGTCAAGGTGGAGGCCGCGGGTTCAAATCCCGTCAGGACCG---
tdbD4555|Symbiobacterium_thermophilum_IAM_14863|292459|Asp|GTC                      GGAGGCGTAGTGTAGA--GGCCTAACATGCGGCCCTGTCACGGCCGAGATCGCGGGTTCGAATCCCGTCGCCTCCGCCA
tdbD4412|Synechocystis_sp._PCC_6803|1148|Asp|GTC                                    GGGTCTGTAGTTCAATT-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCACGGCGGAAGTTGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGACCCG---
tdbD4486|Thermoanaerobacter_tengcongensis_MB4|273068|Asp|GTC                        GGCCCAGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCTAGCCTGTCACGCTAGAGGTCGAGGGTTCAAGTCCCTTCTGGGTCGCCA
tdbD4483|Thermosynechococcus_elongatus_BP-1|197221|Asp|GTC                          GGGACTGTAGTTCAATC-GGTT-AGAGCACCGCCCTGTCACGGCGGAAGTTGCGGGTTCGAGCCCCGTCAGTCCCG---
tdbD4413|Thermotoga_maritima_MSB8|243274|Asp|GTC                                    GGGGACGTGGTGCAGCCTGGTT-AGCATGCCGGTCTGTCACACCGGTGGTCGCGGGTTCAAATCCCGTCGTCCCCGCCA
tdbD4569|Thermus_thermophilus_HB27|262724|Asp|GTC                                   --CCCCGTGGTGTAGTT-GGTT-AACACACCCGCCTGTCACGTGGGAGATCGCGGGTTCGAGTCCCGTCGGGGCCGCCA
tdbD4570|Treponema_denticola_ATCC_35405|243275|Asp|GTC                              GGGGGCGTAGCGAAGCT-GGTTTATCGCGCTGGCCTGTCACGCCGGAGATCGCGGGTTCGAGCCCCGTCGCTCCCG---
tdbD4409|Treponema_pallidum_subsp._pallidum_str._Nichols|243276|Asp|GTC             GGGGGCGTAGCGAAGTT-GGTT-ATCGCGCCAGCCTGTCACGCCGGAGATCGCGGGTTCGAGCCCCGTCGCTCCCG---
tdbD4517|Tropheryma_whipplei_str._Twist|203267|Asp|GTC                              GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4518|Tropheryma_whipplei_TW08/27|218496|Asp|GTC                                 GGCCCTGTGGCGCAGTT-GGTT-AGCGCGCCGCCCTGTCACGGCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCAGGGTCG---
tdbD4391|Ureaplasma_parvum_serovar_3|38504|Asp|GTC                                  GGTTCTGTGGTGTAGT--GATT-AACATGCCTCTCTGTCACAGAGGAGATCGCGGGTTTGACTCCCGTCAGGACCGCCA
tdbD4387|Vibrio_cholerae_O1_biovar_El_Tor_str._N16961|243277|Asp|GTC                GGAGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4571|Wolbachia_endosymbiont_of_Drosophila_melanogaster|163164|Asp|GTC           GGGGGTGTAGCTCAGTT-GGTT-AGAGCGCATGCCTGTCACGCATGAGGTCGTGAGTTCAAGTCTCATCACTCCCGCCA
tdbD4488|Xanthomonas_axonopodis_pv._citri_str._306|190486|Asp|GTC                   GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4487|Xanthomonas_campestris_pv._campestris_str._ATCC_33913|190485|Asp|GTC       GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4414|Xylella_fastidiosa_9a5c|160492|Asp|GTC                                     GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4519|Xylella_fastidiosa_Temecula1|183190|Asp|GTC                                GGAGCGGTAGTTCAGCT-GGTT-AGAATGCTGGCCTGTCACGCCGGAGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCTCCGCCA
tdbD4556|Yersinia_pestis_biovar_Microtus_str._91001|229193|Asp|GTC                  GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCGCCA
tdbD4429|Yersinia_pestis_CO92|214092|Asp|GTC                                        GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCGCCA
tdbD4491|Yersinia_pestis_KIM|187410|Asp|GTC                                         GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCGCCA
tdbD4559|Yersinia_pseudotuberculosis_IP_32953|273123|Asp|GTC                        GGTGCGGTAGTTCAGTC-GGTT-AGAATACCGGCCTGTCACGCCGGGGGTCGCGGGTTCGAGTCCCGTCCGCACCGCCA
#=GC SS_cons                                                                        (((((((..((((...........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
#=GC SN                                                                             0000000..1111...........1111.22222.......22222.....33333.......333330000000....

#=GF CS                                                                             79 columns, 21 paired, 19 covariant; 4 stems
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